常用的二氧化碳培養箱有兩種類型:氣套式二氧化碳培養箱和水套式二氧化碳培養箱。 水套式二氧化碳培養箱的溫度是通過電熱絲給水套內的水加熱，再通過箱內溫度傳感器來檢測溫度變化，使箱內的溫度恒定在設置溫度。
    水套二氧化碳培養箱應由專人負責使用，操作盤上的任何開關和調節旋扭一旦固定后，不要隨意扭動，以免影響箱內溫度，二氧化碳濃度，濕度的波動，同時降低機器的靈敏度。箱子的放置要水平，避免陽光直射和灰塵等，要保證儀器周圍的氣流循環，后部及側而應留出5cm的空隙。
    使用前箱內應用消毒酒精或碘溶液*擦洗，防止其他微生物污染，導致實驗失敗。在房間安裝空調，使環境溫度保持在25℃左右。所使用的二氧化碳必須是純凈的，否則降低二氧化碳傳感器的靈敏度和污染二氧化碳過濾裝置。